Rintarou Okabe est un scientifique un peu paranoïaque, toujours accompagné de Mayuri et Hashida, qui l'aident dans ses expériences farfelues pour son laboratoire. Alors qu'il participait à un séminaire sur le voyage dans le temps, Rintarou rencontre Kurisu qui tente de le persuader qu'il lui a parlé quinze minutes avant, mais Rintarou n'en a aucun souvenir et ne se rappelle pas avoir vu la jeune fille.
Peu de temps après, il retrouve le corps sans vie de Kurisu. Tentant alors de prévenir Hashida par texto, il est plongé dans une ville fantôme. En reprenant ses esprits, il retrouve Mayuri et ne comprend pas ce qui s'est passé, d'autant plus qu'entre temps, un satellite s'est écrasé sur l'immeuble dans lequel il se trouvait.
L'incompréhension sera encore plus importante pour Rintarou quand il apprendra que le texto qu'il avait envoyé à Hashida date d'une semaine, et que Kurisu est encore vivante.
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